电子商务专业市面向现代医药流通领域大中型医药企业，培养具备药品专业知识，能够熟悉运用计算机网络技术，从事网络销售与服务、电子商务应用系统运行与维护等工作的高端技术技能型人才。
主要开设ERP原理与应用、药品网络营销技术、医药商品识别技术、中成药识别技术、计算机网络技术、网页设计等课程。
在合格完成全部课程的同时，可以获取助理电子商务师、医药商品购销员等职业资格。
目前已经与京东好药师、北京九州通医药有限公司、天津天士力大药房连锁有限公司和天津瑞澄大药房连锁有限公司等企业签订了专业共建协议和用人服务协议。
