学校的前身是创办于1940年的私立峨岷中学和创办于1942年的私立五华中学。1952年，两所学校合并为昆明市第十二中学。峨岷中学和五华中学的教师多来自于西南联大的教师和毕业生。在这里，曾经留下了许多知名校友的身影：著名学者朱自清、历史学家钱穆、中科院院士吴征镒等曾任教于学校前身五华中学。走出了工程院院士张国成、著名演员高明等众多优秀学子，为清华大学、北京大学等国内外高等学府输送了大批优秀毕业生。

当时兼任五华中学国文教员的朱自清先生为学校撰写了校歌：“邈哉，五华经正流风余韵长，问谁承先启后，青年人当仁不让!还我大好河山，四千年古国重光，责在吾人肩上。千里英才荟萃一堂，春风化雨弦诵未央。坚忍和爱南方之强，五华万寿无疆!” 烽烟铸魂，经典不朽，至今唱来仍令人气血奔涌，催人奋进。字里行间彰显的家国情怀与责任担当，早已经根植于昆十二中人的血液中，融入到学校的办学理念和价值追求中，历久而弥新。

近年来，在全校师生的共同努力下，学校先后获得 “全国科技示范学校”、“云南省文明单位”、“云南省文明学校”、“云南省平安校园”、“云南省绿色学校”、“云南省校风、教风、学风建设示范学校”等荣誉称号。中、高考成绩多年来稳居省、市、区前列，多次受到省、市、区教育行政主管部门的表彰。

深厚的历史文化底蕴，先进的教育教学理念，科学的学校治理结构，追求卓越的教师团队是学校优质教育的坚实保障。目前学校已经形成了一校多点的办学格局——包括位于环城南路的昆十二中校本部、位于古滇大道的环湖校区、位于拓东路的云子中学拓东校区。不断扩大的办学规模既充分显示了学校的办学实力，也体现了上级主管部门和社会各界对学校办学成效的高度认可。同时，学校积极拓宽办学视野，与北京师范大学、北京外国语大学、上海科技大学等高校以及浙江镇海中学等优质教育资源建立友好合作关系，开展形式多样、内容丰富的对外交流及教学教研活动。