南京市第一中学溯源于1907年创设的崇文学堂，1927年，李清悚校长在崇文学堂旧址创办南京中区实验学校，蔡元培先生题写“开校纪念”碑文。1933年，学校改称“南京市立第一中学”，是南京市第一所公办中学。新中国成立后，学校更名为南京市第一中学，是南京市教育局直属中学之一。1953年，学校被确定为14所江苏省重点中学之一;1998年，学校深化素质教育，推行“中学导师制”;2000年，学校被评为国家级示范高中、江苏省模范学校;2004年，被评为首批江苏省四星级高中。学校曾荣获全国文明校园、全国学校艺术教育先进单位、全国学校体育教育先进单位、江苏省文明单位、江苏省先进基层党组织、南京市基础教育课程改革先进集体等荣誉。

在115年的办学历程中，学校秉承“求真”校训，勇担社会责任，培养了数以万计的优秀学子。其中，既有以茅以升、李泽椿、金翔龙、汪承灏、饶子和等30位院士为代表的科学家;又有以宗白华、水华、冯法祀为代表的文化艺术大师;既有大批在科技、教育、艺术、军事、体育等领域的领军人物，更有千万坚守在平凡岗位上创造不平凡业绩的劳动者。

学校名师云集，师资队伍实力雄厚。现有江苏省特级教师7人，正高级教师13人，南京市学科教学带头人47人，南京市优秀青年教师51人，宁教杰青计划入选2人，名特优教师占全校教师总数约40%。

新时代以来，学校全面贯彻党的教育方针，落实立德树人根本任务，坚持五育并举，贯彻“成全人 成全人 全成人”的办学理念，秉持“舒展，教育最美的姿态”的教育追求，努力办高品质的普通高中教育。

学校以科学教育为特色，特别重视拔尖创新基础人才的早期培养。全省首个普通高中课程改革实验项目——“院士1课堂”于2021年5月正式开讲，三年内邀请100名院士走进一中，传播科学精神和科学家精神;2021年6月，江苏少年工程院在学校挂牌成立，致力于发现和培养未来工程技术类人才，目前已有近40余名学生成为江苏少工院的正式成员;2022年5月，南京市数理人才贯通培育实验项目落户南京一中，探索育人方式改革，培养数学、物理等基础学科人才，服务国家战略需求。各类课程丰富多彩，开设了科技、人文、体育、艺术等60多个校本课程和社团，打造了“迎新大集”“慈善行走”等多个特色活动，排球队、交响乐团屡获全国金奖，育人成果丰硕。

学校建设有以学习为中心的全学科课程基地，其中高中物理课程基地、环境生物技术课程基地、地理综合实践课程基地及高中语文教研基地为4个省级基地。学校注重教学研究，创新教学组织形式和教育教学方式。2014年，学校申报的国家级课题《普通高中学生科学素养发展的研究》顺利结项;2015年，“指向深度学习的学历案研究”入选江苏省基础教育前瞻性教学改革实验项目;2017年，学历案项目获“江苏省教学成果奖(基础教育类)”一等奖;2018年，学历案项目获“基础教育国家级教育学成果奖”二等奖;2022年，学校国家社科基金课题《新时代普通高中科技创新后备人才培养模式研究》顺利开题并深入推进研究。

近年来，学校积极响应市委市政府的号召，主动承担优质教育资源辐射的社会责任，基本形成两个高中部校区跨江一体发展、三个义务教育集团全新发力、若干个初中办学分校的办学大格局和大规模，为教育高质量发展贡献了百年一中的智慧和力量。