福建工程学院总共有44个专业。
福建工程学院本科专业有37个：软件工程、建筑学、城市规划、机械设计制造及其自动化、土木工程、材料成型及控制工程、建筑环境与设备工程、给水排水工程、工业设计、车辆工程、交通工程、勘查技术与工程、电气工程及其自动化、环境工程、电子信息工程、材料科学与工程、网络工程、通信工程、计算机科学与技术、电子科学与技术、国际经济与贸易、公共事业管理、市场营销、法学、物流管理、信息与计算科学、汉语言文学、信息管理与信息系统、广告学、英语、工程管理、新闻学、工程造价、工业工程、工商管理、会计学、房地产经营管理。
福建工程学院其他专业有7个：物联网工程、化学工程与工艺、交通运输、工商管理、数字媒体技术、知识产权、电气信息。
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