南京中医药大学总共有31个专业。
南京中医药大学本科专业有31个：中医学（中西医结合）（本硕连读）（与南方医科大学联合培养）、眼视光学、康复治疗学、中医学（本硕连读）、针灸推拿学（国家特色专业建设点）、护理学（国家特色专业建设点）、药物制剂、药学、中西医临床医学、国际经济与贸易、食品卫生与营养学、中药资源与开发（国家特色专业建设点）、公共事业管理（卫生事业管理）、中医学（中西医结合）（本硕连读）（与南京师范大学联合培养）、信息管理与信息系统、中医学（国家特色专业建设点）、中药制药、中医学（针灸推拿）（本硕连读）、公共事业管理（中外合作办学）、英语、市场营销、计算机科学与技术、电子商务、制药工程、软件工程、公共事业管理(医疗保险)、生物制药（分子生物学――药物研制）（中外合作办学）、应用心理学、食品质量与安全（中外合作办学）、中药学（国家特色专业建设点）、药事管理。
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