新疆医药类大学排名第一的是新疆医科大学，排名第二的是新疆第二医学院，以下是相关信息，供大家参考。
| 序号 | 名称 | 主管 | 城市 |
| 1 | 新疆医科大学 | 新疆维吾尔自治区 | 乌鲁木齐 |
| 2 | 新疆第二医学院 | 新疆维吾尔自治区 | 克拉玛依 |
新疆医科大学
新疆医科大学（Xinjiang Medical University）位于新疆乌鲁木齐，是新疆唯一一所独立建制的医学院校，为省部委共建高校、卓越医生教育培养计划项目试点高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校、自治区首批来疆留学高校示范基地。
学校前身为新疆医学院和新疆中医学院，两校分别始建于1954年和1946年；1998年6月，新疆医学院与新疆中医学院合并成立新疆医科大学。
新疆第二医学院
新疆第二医学院（XinJiang Second Medical college）是一所以医学类为主，理学、管理学等多学科协调发展，公办本科层次医学类普通高等学校。学院坐落于我国重要的石油石化工业基地——新疆克拉玛依市，定位于应用型高等学校，主要培养区域经济社会发展所需要的高素质应用型、技术技能型人才。
原新疆医科大学厚博学院于2003年5月6日在乌鲁木齐获准成立，2004年2月5日由国家教育部教发函〔2004〕13号文件确认，是由新疆医科大学举办的、充分依托大学优质教育资源和办学优势建设发展的独立学院。2012年12月6日，克拉玛依市委市政府与新疆医科大学共同签订了合作建设新疆医科大学厚博学院协议书。2015年9月新校区落成，学院正式搬迁至克拉玛依市。2021年经教育部同意，新疆医科大学厚博学院转设为新疆第二医学院，学校标识码为4165013560，同时撤销新疆医科大学厚博学院的建制。
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